A Bölcsek Kövét számos bravúrra fel lehet használni, úgymint gyógyítás, vagy egy emberi lélek átvitele egy új testbe. Az ilyen átvitel azzal a kockázattal jár, hogy az alkimista lelkének egyes részei sérülnek, és az új test, amely vendégül látja, bomlásnak indul. A Kő két fajtája ugyanúgy működik. A transzmutáció képes lehet egy törött dolgot teljesen funkcionális formájába visszaállítani, legyen az kard, rádió, vagy bármi más, de az ehhez szükséges energiaforrást csak az utolsó epizódokban fedik fel. Az energiát egy rejtélyes Kapu szolgáltatja, ami a Fullmetal Alchemist világát egy másik univerzumhoz köti, amiben úgy tűnik, más irányt vett a technikai fejlődés. Ennek a párhuzamos világnak a mintája a mi valós világunk, amiben közel történelmi hűséggel zajlanak az események. (Edward az első világháborús Zeppelin támadásába csöppen, miután Dante keresztüllöki a Kapun.)

Az anime után készült egész estés film témája, hogy a Fullmetal Alchemist világáról azt hiszik, az a misztikus Shamballa. Az elv szerint minden ebben a második világban történő halál energiát szabadít fel, ennek segítségével képesek végrehajtani transzmutációikat az alkimisták